A partir del arribo de Colón a estas tierras se expandió por ellas la cultura europea y, consecuentemente, se establecieron las universidades. En congruencia con el modelo de organización medieval particularmente el de las universidades españolas, aparecieron en el suelo americano las primeras universidades del continente en el siglo XVI.
Fue así que se fundó en 1538 la Universidad de Santo Tomás de Aquino en la ciudad de Santo Domingo, y en 1553 la Real y Pontificia Universidad de México en la ciudad de México. La creación de la Real y Pontificia Universidad de Guadalajara fue el resultado de una larga y penosa secuencia de comunicaciones entre las autoridades civiles y eclesiásticas de la Nueva Galicia y la corona española a lo largo del siglo.
